نتایج حاصل از فراوانی نسبی جوامع باکتریایی در نمونه های کمپوست در سطوح شاخه و جنس در شکل ۸. شکل ۸a طبقه بندی باکتری های سطح فیلا را نشان می دهد (گونه هایی با فراوانی نسبی کمتر از ۱ درصد به عنوان سایر گونه ها طبقه بندی می شوند). به طور عمده شامل پروتئوباکتری ها، باکتریوئیدت ها، فیرمیکوت ها، وروکومیکروبیا، اکتینوباکتری ها و پلانکتومیست ها می شود. پروتئوباکتری ها اولین باکتری غالب در مراحل اولیه کمپوست سازی با فراوانی نسبی ۸۱٫۹ درصد بودند. اما با پیشرفت کمپوست، فراوانی نسبی به تدریج کاهش یافت و فراوانی نسبی در دوره دمای بالا و دمای پایین به ترتیب ۲/۷۱ و ۲/۵۵ درصد و در مرحله بلوغ با فراوانی نسبی ۳/۶۹ افزایش یافت. ٪. این نتیجه با نتیجه گیری های سان مطابقت دارد [۲۹] و وانگ [۳۰] و همکاران بر خلاف پروتئوباکتری ها، فراوانی نسبی باکتروئیدیت ها به تدریج با فرآیند کمپوست افزایش یافت و فراوانی نسبی ۸٫۱-۲۰٫۳٪ بود. Firmicutes بیشترین فراوانی نسبی (۷٫۴٪) را در دوره های دمای بالا داشت، زیرا Firmicutes هاگ ها را برای مقاومت در برابر شرایط دمای بالا تولید می کند. [۷]. فراوانی نسبی وروکومیکروبیا در دوره سرد شدن بیشتر بود (۱۱٫۶%) که منجر به تخریب مواد آلی محلول (DOM) و تشکیل هوموس می شود. [۳۱]. فراوانی نسبی اکتینومیست ها از ۱٫۱% تا ۳٫۸% بود که در این میان فراوانی نسبی بالاترین (۳٫۸%) در دمای بالا بود. اکتینومیست ها توانایی تولید انواع آنتی بیوتیک ها را دارند که می توانند باکتری های بیماری زا موجود در توده را از بین ببرند و سمیت کمپوست را کاهش دهند. [۳۲]. فیلوفیلا برای اولین بار در دوره سرد شدن ظاهر شد و اساساً در دوره پوسیدگی ناپدید شد.

شکل ۸b طبقه بندی باکتری ها را در سطح ژنریک نشان می دهد (گونه هایی با فراوانی نسبی کمتر از ۱٪ به عنوان سایر گونه ها طبقه بندی می شوند). همانطور که در نشان داده شده است شکل ۸b، گروه های باکتریایی اصلی در مرحله اولیه شامل اسینتوباکتر، Dysgonomonadaceae طبقه بندی نشده و Advenella با فراوانی نسبی ۶۷٫۲، ۵٫۷ و ۳٫۴ درصد بودند. با پیشرفت کمپوست، باکتری های غالب در نمونه های اولیه اساساً در مرحله تخمیر بعدی ناپدید شدند و ممکن است در طول فرآیند تخمیر از بین رفته باشند. هنگامی که کمپوست وارد مرحله دمای بالا شد، گروه های اصلی باکتری به Pseudoxanthomonas، Pseudomonadaceae طبقه بندی نشده و Phyllobacteriaceae طبقه بندی نشده تغییر می کنند. فراوانی نسبی به ترتیب ۱۸٫۹%، ۷٫۱% و ۷% بود. در مرحله سرد شدن، کمپوست توسط سودوموناس با فراوانی نسبی ۳/۸ درصد غالب بود. پسودوموناس، کلاتوکوکوس و شلاتیورانس اصلی ترین گونه های کمپوست با فراوانی نسبی بالا در مرحله بلوغ بودند و فراوانی نسبی آنها به ترتیب ۲۵٫۸، ۶٫۷ و ۵٫۱ درصد بود. این باکتری ها به طور گسترده در طبیعت از جمله در خاک، دریانوردی، آب شیرین، لجن، فاضلاب و غیره یافت می شوند و حتی در کمپوست های مختلف قابل شناسایی هستند. در این میان، اسینتوباکتر و آلکالیژن ها در مرحله اولیه کمپوست سازی غالب بودند، اما با کمپوست سازی به تدریج فراوانی نسبی آنها کاهش یافت و پس از ورود کمپوست به مرحله پوسیدگی، این باکتری ها قابل شناسایی نبودند. وقتی چانگ [۳۳] و خو [۳۴] و همکاران استفاده از کود گاوی به عنوان ماده خام برای کمپوست سازی، اسینتوباکتر و آدونلا در مراحل اولیه کمپوست شناسایی شدند، اما کمپوست اساساً پس از ورود به مرحله پوسیدگی ناپدید شد. این مطالعه نشان داد که این جنس ها با مواد خام کمپوست مرتبط هستند. سودوکسانتوموناس باکتری غالب در مراحل دمای بالا، سرد شدن و تجزیه است و اثر کنترلی قوی بر روی نماتد گره ریشه جنوبی دارد که می تواند به طور موثر بیماری ها و آفات موجود در کپه را کاهش دهد. [۳۵]. Chelicococcus و Rhizobium به عنوان باکتری غالب در مرحله بلوغ، عملکرد تخریب پنی سیلین را دارند. [۳۶]. ریزوبیوم نوعی باکتری هوازی نیترات زدایی است که می تواند مواد اتیلن دی آمین تتراستیک اسید (EDTA) را تا حد مشخصی تجزیه کند. [۳۷].